臭氧是一種強氧化劑，有廣譜殺菌、快速滅菌的特點，對空氣和水中的微生物，細菌病毒等均有著極好的滅殺效果，殺菌反應后，多余的臭氧會自行分解為氧，無任何有害物殘留物的產生，是世界公認的綠色高效環保殺菌劑。
臭氧對霉菌、細菌、病毒等微生物有極強的滅殺能力，臭氧直接通過破壞其(微生物)RNA和DNA完成的，在滅殺細菌、病毒類微生物時，則是臭氧先作用于細胞膜，繼而破壞內組織直至溶解死亡。
使用臭氧消毒需要達到閥值濃度，臭氧濃度若低于閥值濃度，則無法達到殺滅細菌的效果，但濃度過高會使運行成本上升，因此在選用臭氧發生裝置時，應算計好使用范圍所需的臭氧濃度。根據《消毒技術規范》和實踐應用數據，在GMP制藥車間的潔凈區，潔凈級別三十萬級取消毒需要保持臭氧濃度N＝5mg/M3，十萬級取N＝10 mg/M3，萬級取N＝30mg/M3，百級取N＝40mg/M3。
臭氧總用量計算公式為：W＝NV/（1－S）
式中：W－臭氧總用量（mg/M3） S－臭氧衰減率S＝40％ V－總體積（M3） N－潔凈區域消毒需要保持的臭氧濃度（mg/M3）。 其中V＝V1＋V2＋V3，V1－潔凈區域總體積；V2－空調風道體積；V3－補充新風量造成臭氧損失的有效體積（V3＝總風量×20％常規新風更換率×10％（保持潔凈區域的正壓補充新風量）×60％＝總風量×1.2％）。
臭氧不僅對人們有益，同時臭氧也是一種對環境污染的氣體，我國環境空氣質量標準（GB3095-1996 ）中規定臭氧的濃度限值（1 小時平均）一級標準為0.12mg/m 3 ；二級標準為0.16mg/m 3 ；三級標準為0.20mg/m 3 。臭氧的工業衛生標準大多數國家 很高限值為0.1ppm （0.20mg/m 3 ）。因此利用臭氧消毒殺菌濃度不應過高，臭氧發生器的產量不是越高越好。例如：一般家庭用室內殺菌的臭氧發生器產量應在200mg/h 左右， 很高不要超過400mg/h 。這樣，在臭氧殺菌工作30~60min 后，室內殘余濃度低于國家衛生標準要求。需要注意的是，一些過敏體質的人，長時間暴露在臭氧含量超過0.18mg/m 3 的環境下，會出現皮膚刺癢，呼吸不暢，咳嗽及鼻炎等癥狀。濃度再高，會給人體造成更大的傷害。
